Obwohl Zirndorf 1632 innerhalb der Wallensteinischen Befestigung lag, hatte die Kirche weniger unter den sonst üblichen Kriegsverwüstungen gelitten, als unter einer bereits 1620 einsetzenden Jahrzehnte langen Verwahrlosung, die durch den Tod so vieler Gemeindemitglieder und dem damit verbundenen Rückgang der Einnahmen verursacht war. Sie konnte erst an der Wende zum 18. Jahrhundert behoben werden.

Die 1684 noch vorhandene spätgotische Einrichtung muss kurz darauf beseitigt und Zug um Zug durch eine einheitlich christologisch – evangelisch orientierte Barockausstatung ersetzt worden sein. Wesentliche

Impulse gingen dabei von privaten Spendern aus. Allem Anschein nach wurden völlig neue Emporen eingezogen. Dabei entstand an der Nordseite auch eine wappengeschmückte Loge für den Patronatsherrn, den Markgrafen. Die 44 Brüstungsfelder der Emporen ließen die Eheleute Johann und Walburga Siebenkäs, Müller zu Leichendorf, 1714 mit Bildern nach Motiven aus dem Alten und Neuen Testament ausmalen. Der unbekannte Maler hat sich dabei bis auf einige Ausnahmen der 1625 – 27 erschienen Radierungen in den Icones biblicae des Matthäus Merian als Vorlage bedient. So gewinnen die Bilder auch als Kopien durch den Schwung und Merians geniale Komposition von Gestalten und Bauten.

Altar, Kanzel und die auf einer Akanthuskonsole stehende Figur Johannes des Täufers sind im Symbolgehalt genau aufeinander abgestimmt und bilden eine Einheit. Vom Künstlerischen her sind sie als sehr bemerkenswerte Arbeiten der Barockzeit zu bezeichnen. Leider wissen wir nicht, wer sie geschaffen hat.

Der Inschrift auf der Altarrückseite zufolge ließen der Kaufmann Johann Georg Bentz und seine Ehefrau Barbara den Altar 1726 fassen. Es handelt sich um einen blaugrün marmorierten und schwarz gefassten Holzaufbau in der Form eines Triumphbogens, dessen ornamentales Schnitzwerk vergoldet ist. Der Altar steht unter der Thematik "Christi Verklärung" und geht in der Predella aus vom Leidensweg des Herrn, beginnend beim Abendmahl:

Zwischen gedrehten korinthisierenden Säulen wird der Kreuzigungstod Christi dargestellt: Christus am Kreuz, davor Maria, Maria von Magdala und Johannes in bewegter Gebärdensprache des B diesem Mittelfeld gehören auf beiden Seiten Engel mit dem Leidenswerkzeugen Christi, während links Elia und rechts Mose Prophetie und Gesetz repräsentieren, die in Christus Erfüllung fanden.

Christi Triumph über den Tod aber ist im Giebelfeld symbolisiert durch die von Engeln getragenen Märtyrerpalmen, seine Verklärung durch Gott Vater. In einem vom Heiligen Geist wehend bewegten Gewand, den Reichsapfel in der Hand, dem Symbol der Herrschaft über die Welt, weist er mit der Rechten auf Christus, während sein halb geöffneter Mund gleichsam die Beantwortung der Frage andeutet, ob Christus der wahre Messias sei: "Dies ist mein lieber Sohn, an dem ich Wohlgefallen habe." Darüber schwebt die Taube des Heiligen Geistes in einer Linie über Gott und Christus, was als Ausdruck für die Dreieinigkeit zu werten ist, wie auch das Giebelfeld in einem gleichseitigen Dreieck gestaltet wurde, das in der Symbolik für Trinität steht.

Die schön geschnitzte Kanzel wurde 1720 anläßlich einer Vergoldung zum ersten Mal erwähnt. Die Felder des sehr dekorativen polygonalen Korbes münden unten in einer geschnitzten Traube - Symbol für Wein und damit für Christi Blut. In den rundbogigen Seitennischen finden wir die Schnitzfiguren der vier Evangelisten. Zweien fehlt das sie kennzeichnende Symbol. Sie stehen für das auf der Kanzel verkündete Wort, während unter dem Kanzelpult Christus seiner Gemeinde mit der erhobenen, von dem Wundmal des Nagels gezeichneten Hand den Friedensgruß entbietet. Auf dem von zwei Engelhermen gestützten Schalldeckel der Kanzel steht die Figur des Auferstandenen. Hier wird die enge Verbindung zur Figur des Gekreuzigten auf dem Altar sichtbar, dessen Tod die christliche Gemeinde verkündet und dessen Auferstehung sie preist.

Das Werk der heutigen Orgel wurde 1973 in einen siebenteiligen, barocken Orgelprospekt eingebaut, der durch lebhaftes Akanthusschnitzwerk, musizierende Engel und symbolhafte Früchte geschmückt ist. Den dreiteiligen Prospekt der Vororgel haben 1726 Stephan und Margaretha Esther Hoffmann, Müller zu Zirndorf, gestiftet.

An der südlichen Langhauswand finden wir zwei Grabdenkmäler. Das erste erinnert an den hohenzollerischen Regimentsfähnrich Georg Philipp Bachmann, † 1704, das zweite an Johann Wilhelm Christoph von Preyßing auf Lichteneck, den 1710 verstorbenen Kommandanten der Festung Würzburg, die im Reliefbild auf dem Stein abgebildet wurde. Beide Offiziere wurden in der Kirche begraben.

Der Taufstein der Kirche stammt aus dem 19.Jahrhundert.

Trotz der Ablieferungspflicht im 1. und 2. Weltkrieg sind auf dem Zirndorfer Kirchturm vier Glocken als bemerkenswertes Zeugnis mittelalterlicher und barocker Gießkunst erhalten geblieben. Die älteste Glocke von 450 kg stammt noch aus der Spätgotik. Sie trägt die Inschrift: Ave Maria gracia plena dominvs tecvm benedicta (Gegrüßest seist du Maria, voller Gnaden, der Herr ist mit dir, Gebendeite). Eine zweite mit 658 kg Gewicht war 1658 dazu gekommen: "Durchs Fever flos ich Wolfgang Roth von Nürnberg gos mich Anno 1658 Verbum domini mohnet (richtig: manet) in aeternum." (Das Wort des Herrn bleibt in Ewigkeit.)

1663 goss Wolfgang Roth im Zirndorfer Glockengießerhof eine 1340 kg schwere Glocke aus einer zersprungenen um. Inschrift: "Man haist mich ja frei die große Tvrckenglocken Dieweil ich die Christen zvr Byse thv locken Dvrch große Fevers Hitz vnd Glvt bin ich geflossen Als mich Wolfgang Roth von Onoltzbach hat gegossen Herr Johann Lavbinger Pfarrer – Hans Ramb vnd Marx Hvfschmid – beede Heilingpfleger der Zeit A 1663 MPM - Die vierte Glocke wurde 1769 gegossen: "Aus dem Fever flos ich Johann Ernst Lösch von Creilsheim gos mich Zirndorf 1769".

Wir wissen, dass wiederholt Glocken im Zirndorfer Turm durch Blitzschläge zersprangen. Eine Tafel auf der Orgelempore erinnert an einen Blitzschlag am 15.08.1741.